Отвечает Stig Bakken.

Структура директорий php4/pear/ соответствует дереву дистрибутива, который по умолчанию находится в директории /usr/local/lib/php, и была организована как обычное иерархическое дерево. Однако сейчас, структура директорий pear/ основана на разделении на пакеты. Теперь файлы, которые находятся в поддиректориях пакетов абсолютно не зависят от пути, куда они будут установлены.